회계검사는 공공기관의 수입·지출의 결과에 관한 기록을 '제3의 기관(타인)'이 확인·검증하여 그에 대한 비판적 의견(검사보고서)을 제시하는 행위입니다. 이때 제3의 기관이 감사원에 해당하는 것일 뿐, 권력분립에 반하는 행위가 아닙니다.
그런데 직무감찰은 공무원이나 이에 준하는 자가 국민으로부터 수임받은 임무를 성실히 수행하였는지를 규찰하여 비위를 시정·방지하고 행정운영(관리)상 문제점을 시정·개선하려는 내부통제 기능입니다. 그렇기 때문에 대통령 소속인 감사원이 헌법상 독립기관에 대해서는 직무감찰을 할 수 없게 되어 있는 것입니다.